小麦育种以“高强筋绿色健康功能小麦”“高黄酮小麦”的品种研发为核心，率先育成和审定了多个功能性品种。其中“山农糯麦1号”创全国特殊用途小麦单产最高记录，“山农20”技术获国家科技进步二等奖，有效解决种业“卡脖子”难题。“嘉玉368”等多个玉米新品种获国家级审定，并在黄淮海、东北、华北、西北等多个地区展开大面积种植。

集团拥有多处原种基地和育种基地，在泰安肥城设有高标准核心材料科研基地，小麦、花生智慧育种基地，全自动化良种生产加工厂；在新疆昌吉、甘肃张掖设有农作物良种育繁推一体化基地；在海南三亚设有南繁智慧育种基地，实现更多科技成果的产业化应用。